一、自然资源部（含国家林草局）：
职能转变。自然资源部要落实中央关于统一行使全民所有自然资源资产所有者职责，统一行使所有国土空间用途管制和生态保护修复职责的要求，强化顶层设计，发挥国土空间规划的管控作用，为保护和合理开发利用自然资源（注：应含水资源）提供科学指引。进一步加强自然资源的保护和合理开发利用，建立健全源头保护和全过程修复治理相结合的工作机制，实现整体保护、系统修复、综合治理。创新激励约束并举的制度措施，推进自然资源节约集约利用。进一步精简下放有关行政审批事项、强化监管力度，充分发挥市场对资源配置的决定性作用，更好发挥政府作用，强化自然资源管理规则、标准、制度的约束性作用，推进自然资源确权登记和评估的便民高效。
主要的涉水职能包括：
1.履行水自然资源资产所有者职责。拟订自然资源等法律法规草案，制定部门规章并监督检查执行情况。
2.负责自然资源（注：应含水资源）调查监测评价。制定自然资源调查监测评价的指标体系和统计标准，建立统一规范的自然资源调查监测评价制度。实施自然资源基础凋查、专项调查和监测。负责自然资源调查监测评价成果的监督管理和信息发布。指导地方自然资源调查监测评价工作。
3.负责自然资源（注：应含水资源）统一确权登记工作。制定各类自然资源统一确权登记、权籍调查、争议调处、成果应用的制度、标准、规范。建立健全全国自然资源信息管理基础平台。负责自然资源资料收集、整理、共享、汇交管理等。指导监督全国自然资源确权登记工作。
4.负责自然资源（注：应含水资源）资产有偿使用工作。建立全民所有自然资源资产统计制度，负责全民所有自然资源资产核算。编制全民所有自然资源资产负债表，拟订考核标准。制定全民所有自然资源资产划拨、出让、租赁、作价出资和土地储备政策，合理配置全民所有自然资源资产。负责自然资源资产价值评估管理，依法收缴相关资产收益。
5.负责自然资源（注：应含水资源）的合理开发利用。组织拟订自然资源发展规划和战略，制定自然资源开发利用标准并组织实施，建立政府公示自然资源价格体系，组织开展自然资源分等定级价格评估，开展自然资源利用评价考核，指导节约集约利用。负责自然资源市场监管。组织研究自然资源管理涉及宏观调控、区域协调和城乡统筹的政策措施。
6.负责地质灾害预防和治理，监督管理地下水过量开采及引发的地面沉降等地质问题。
原国土资源部涉及“水”的职能以地下水为主。多年来，原国土资源部以及其前身地矿部是地下水资源勘查评价管理的最主要部门且为最为专业部门（我国地下水相关专业即水文地质学专业人才基本上均由其直属的各地质学院或大学培养出来的。除各高校外，且其下属的中国地质调查局及各单位拥有我国最为主要的地下水专业队伍）。地下水相关管理职能由原国土资源部地质环境司负责，主要职责是依法管理水文地质、工程地质、环境地质勘查和评价；组织监测、监督防止地下水过量开采引起的地面沉降和地下水污染造成的地质环境破坏。除第6条“监督管理地下水过量开采及引发的地面沉降等地质问题”外，《规定》中未对地下水做过多的描述。
地下水污染防治相关工作已划入生态环境部，由土壤生态环境司负责，此块工作基本不会存在部门交叉。而地下水作为自然资源的重要组成部分，根据前五条职能，可以初步判断地下水资源管理应该是进一步强化，从自然资源的角度以地下水资源宏观管理为主。而在水利部职能中关于地下水管理的描述为“指导饮用水水源保护有关工作，指导地下水开发利用和地下水资源管理保护。组织指导地下水超采区综合治理。……对江河湖库和地下水实施监测”。可以判断，水利部门重点应为“指导”各省市开展地下水开发利用和地下水资源管理保护工作，具体工作以管理机井为主，主要以凿井许可和取水许可为抓手。水利部门在地下水管理方面具备得天独厚的优势，尤其是在凿井钻孔资料和地下水取水量资料储存上是地质部门所不能比的优势。但水利部所缺少的是拥有真正懂地下水或水文地质学的专业技术人才，从而限制了其对地下水资源管理的水平。此外，关于地下水监测工作仍存在交叉重合。2015年，国家发改委批复了原水利部和原国土资源部联合编制了《国家地下水监测工程可行性研究报告》，启动了国家地下水监测工程建设，该工程分为水利部分和国土部分，并由两部门分别实施建设，目前已基本建成并投入使用。下一步，是由其中一个部门运行该监测站网还是两部门分别运行，目前难以判断，推测两家分别运行的可能性较大。但地下水监测数据共享整合、联合发布是既能避免监测数据打架又能避免国家财政经费浪费的最好出路。
国家林业和草原局涉水职能：
除自然资源部地下水资源管理职能外，新成立的由自然资源部管理的国家林业和草原局，也具有一部分涉“水”职能，主要为负责湿地资源管理工作。在原有的湿地保护管理中心基础上，本次机构改革专门设置了湿地管理司，指导湿地保护工作，组织实施湿地生态修复、生态补偿工作，管理国家重要湿地，监督管理湿地的开发利用，承担国际湿地公约履约工作。按照湿地保护管理规定》，湿地是指常年或者季节性积水地带、水域和低潮时水深不超过6米的海域，包括沼泽湿地、湖泊湿地、河流湿地、滨海湿地等自然湿地，以及重点保护野生动物栖息地或者重点保护野生植物原生地等人工湿地。因此基本上大部分江河湖泊以及水库等水域均属于湿地资源管理范畴。此外，新设立的生态保护修复司（全国绿化委员会办公室）。承担森林、草原、湿地、荒漠资源动态监测与评价工作。起草国土绿化重大方针政策，综合管理重点生态保护修复工程，指导植树造林、封山育林和以植树种草等生物措施防治水土流失工作。与水利部水土保持司职能有一定的交叉联系。水利部水土保持司职能为“承担水土流失综合防治工作，组织编制水土保持规划并监督实施，组织水土流失监测、预报并公告，审核大中型开发建设项目水土保持方案并监督实施。”
二、生态环境部
职能转变。生态环境部要落实中央关于统一行使生态和城乡各类污染排放监管与行政执法职责，切实履行监管责任，全面落实大气、水、土壤污染防治行动计划，大幅减少进口固体废物种类和数量直至全面禁止洋垃圾入境。构建政府为主导、企业为主体、社会组织和公众参与的生态环境治理体系，实行最严格的生态环境保护制度，严守生态保红线和环境质量底线，坚决打好污染防治攻坚战，保障国家生态安全，建设美丽中国。
主要涉水职能及变化特点：
1.在生态环境部新“三定”方案中，涉及到“水”主要包括三个司，即水生态环境司（负责水生态环境管理）、土壤生态环境司（负责地下水污染管理）、生态环境监测司（负责水质监测管理）。
2.“水生态环境司。由原来的“负责全国水环境保护的监督管理。拟订和组织实施水体污染防治政策、规划、法律、行政法规、部门规章、标准及规范。拟订水环境功能区划和近岸海域环境功能区划。组织测算并确定水环境容量，开展水环境承载力评估。拟订和监督实施国家重点流域、重点海域、地下水污染防治规划计划。建立和组织实施跨省（国）界水体断面水质考核制度。监督管理饮用水源地环境保护工作和海岸工程、陆源污染、拆船等海洋环境污染防治工作。承担水污染物排污许可、总量控制、排污权交易具体工作。组织协调农村环境保护工作，组织指导农村环境综合整治工作，指导生态农业建设，参与有关部门农业面源污染防治工作。”变化为“负责全国地表水生态环境监管工作，拟定和监督实施国家重点流域生态环境规划，建立和组织实施省（国）界水体断面水质考核制度，监督管理饮用水水源地生态环境保护工作，指导入河排污口设置。”改革前职能表述相对复杂，反映出以前与其他涉及水环境和水污染防治的部门交叉较多，必须明晰，现在已基本理顺，因此表述更为简洁明了。
3.“土壤生态环境司。负责全国土壤、地下水等污染防治和生态保护的监督管理，组织指导农村生态环境保护，监督指导农业面源污染治理工作。”地下水污染防治监督管理职能由原国土资源部划入。地下水污染防治与土壤污染防治之间关系密切，土壤是地下水污染的最主要途径，控制了土壤污染，地下水污染防治工作则可随之得以控制。
4.此外，变化较大的涉水管理为“长江、黄河、淮河、海河、珠江、松辽、太湖流域生态环境监督管理局，作为生态环境部设在七大流域的派出机构，主要负责流域生态环境监管和行政执法相关工作，实行生态环境部和水利部双重领导、以生态环境部为主的管理体制。”一直以来，原环境保护部对七大流域生态环境管理工作相对较弱。而水利部下属七个流域委员会（管理局）均设有流域水资源保护局，为具有行政职能的事业单位。主要职能包括：负责流域水资源保护工作、组织编制流域水资源保护规划并监督实施、组织拟订跨省（自治区、直辖市）江河湖泊的水功能区划并监督实施；组织实施流域重要入河排污口的监督管理等。多年来，是一支技术含量较强的水资源保护和水环境监测队伍，为我国水资源保护工作提供了技术支撑。流域水资源保护局在上世纪80年代至本世纪初期，曾接受水利部和原国家环保总局双重管理，一般名称为“水利部、国家环保局某某流域水资源保护局”，不过后来逐渐偏重于以水利部管理为主。据推测，生态环境部应以流域水资源保护局为基础设置流域生态环境监督管理局。
三、水利部：
职能转变。水利部应切实加强水资源合理利用、优化配置和节约保护。坚持节水优先，从增加供给转向更加重视需求管理，严格控制用水总量和提高用水效率。坚持保护优先，加强水资源、水域和水利工程的管理保护，维护河湖健康美丽。坚持统筹兼顾，保障合理用水需求和水资源的可持续利用，为经济社会发展提供水安全保障。
新变化主要点：
1.此次水利部职能出现较大变动。原有的“水资源调查和确权登记管理”职责并入自然资源部，“编制水功能区划、排污口设置管理、流域水环境保护”职责并入生态环境部，“农田水利建设项目等管理”职责并入农业农村部，“水旱灾害防治以及国家防汛抗旱总指挥部”职责并入应急管理部。而原国务院三峡工程建设委员会及其办公室、原国务院南水北调工程建设委员会及其办公室并入水利部，新增加了“三峡工程和南水北调工程的运行管理、后续工程建设管理和移民后期扶持管理”等职责。
2.内设司局由原来的17个增至22个，除新增了“三峡工程管理司”、“南水北调工程管理司”外，由原“水资源管理司”调整分出了“水资源管理司”（新设地下水管理处，负责地下水相关工作）、“全国节约用水办公室”和“调水管理司”，原“建设与管理司”调整分出了“水利工程建设司”、“运行管理司”、“河湖管理司”（内设河湖长制工作处，负责河湖长制相关工作），原“农村水利司”和“农村水电与水库移民司”调整分设了“农村水利水电司”和“水库移民司”，原“国家防汛抗旱总指挥部办公室”去除“水旱灾害防治以及国家防汛抗旱总指挥部职责”后调整设为“水旱灾害防御司”。其中的“水文司”和“农村水电与水库移民司”为2017年在原有水利部所属事业单位水文局、农村水电及电气化发展局以及水库移民开发局的基础上新设立的两个司。
3.新的职能变化后，主要有“组织实施水资源有偿使用制度”职能已修改为“指导开展水资源有偿使用工作”；“负责水资源保护工作”职能已修改为“指导水资源保护工作”，“对江河湖库和地下水的水量、水质实施监测”修改为“对江河湖库和地下水实施监测”等等，新增加了“组织指导地下水超采区综合治理”、“指导河湖水生态保护与修复、河湖生态流量水量管理以及河湖水系连通工作”以及有关三峡、南水北调工程运行、管理和后续工程建设等职责，此外还删除了“组织协调农田水利基本建设”等已并入其他部门的工作。“组织指导水功能区的划分并监督实施”、“组织指导省界水量水质监督、监测和入河排污口设置管理工作”等工作已修改为“参与编制水功能区划和指导入河排污口设置管理工作”。
4.原防汛抗旱工作职能变化较大，由原来的“负责防治水旱灾害，承担国家防汛抗旱总指挥部的具体工作。组织、协调、监督、指挥全国防汛抗旱工作，对重要江河湖泊和重要水工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度，编制国家防汛抗旱应急预案并组织实施。指导水利突发公共事件的应急管理工作。”修改为“负责落实综合防灾减灾规划相关要求，组织编制洪水干旱灾害防治规划和防护标准并指导实施。承担水情旱情监测预警工作。组织编制重要江河湖泊和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度及应急水量调度方案，按程序报批并组织实施。承担防御洪水应急抢险的技术支撑工作。承担台风防御期间重要水工程调度工作。”
四、应急管理部
职能转变。应急管理部应加强、优化、统筹国家应急能力建设，构建统一领导、权责一致、权威高效的国家应急能力体系，推动形成统一指挥、专常兼备、反应灵敏、上下联动、平战结合的中国特色应急管理体制。一是坚持以防为主、防抗救结合，坚持常态减灾和非常态救灾相统一，努力实现从注重灾后救助向注重灾前预防转变，从应对单一灾种向综合减灾转变，从减少灾害损失向减轻灾害风险转变，提高国家应急管理水平和防灾减灾救灾能力，防范化解重特大安全风险。二是坚持以人为本，把确保人民群众生命安全放在首位，确保受灾群众基本生活，加强应急预案演练，增强全民防灾臧灾意识，提升公众知识普及和自救互救技能，切实减少人员伤亡和财产损失。三是树立安全发展理念，坚持生命至上、安全第一，完善安全生产责任，坚决遏制重特大安全事故。
新变化特点：
1.应急管理部是这次机构改革中新组建的一个重要的部门。十九届三中全会决定提出，要建立一个统一领导、权责一致、权威高效的国家应急能力体系。国务院机构改革方案提出，整合优化应急力量和资源，推动形成统一指挥、专常兼备、反应灵敏、上下联动、平战结合的中国特色应急管理体制。安全是一个复杂又系统的问题，特别是类似地震、水灾、流行病、重大火灾爆炸、特大交通事故、大规模恐袭等，没有强有力机构的指挥和系统处置，是很难在极短时间内达到相对较佳效果的。原国家安监总局及其他相关部门，在减灾救灾中存在条块分割、资源分散、重复建设等问题，已经不能满足形式发展的需要了，组建应急管理部使处置重大安全问题更加适应安全科学规律。在应急资源储备和调度及各方力量的共享上，将比以前任何一个机构的力量和功能更大。
2.应急管理部将水利部的水旱灾害防治相关职责纳入工作范畴，并将设在原水利部国家防汛抗旱总指挥部，与国家减灾委员会、国务院抗震救灾指挥部、国家森林防火指挥部的职责整合。且设立了的防汛抗旱司，组织协调水旱灾害应急救援工作，协调指导重要江河湖泊和重要水工程实施防御洪水抗御旱灾调度和应急水量调度工作，组织协调台风防御工作。
3.与水利部在防汛抗旱“水”灾害防救方面的职责分工。
（1）应急管理部负责组织编制国家总体应急预案、自然灾害类专项预案，综合协调应急预案衔接工作，组织开展预案演练。按照分级负责的原则，指导自然灾害类应急救援；组织协调重大灾害应急救援工作，并按权限作出决定；承担国家应对特别重大灾害指挥部工作，协助党中央、国务院指定的负责同志组织特别重大灾害应急处置工作。组织编制综合防灾减灾规划，指导协调相关部门水旱灾害等防治工作；会同水利部等建立统一的应急管理信息平台，建立监测预警和灾情报告制度，健全自然灾害信息资源获取和共享机制，依法统发布灾情。
（2）水利部负责落实综合防灾减灾规划相关要求，组织编制洪水干旱灾害防治规划和防护标准并指导实施；承担水情旱情监测预警工作；组织编制重要江河湖泊和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度和应急水量调度方案，按程序报批并组织实施；承担防御洪水应急抢险的技术支撑工作；承担台风防御期问重要水工程调度工作。
（3）各流域防汛抗旱指挥机构负责落实国家应急指挥机构以及水利部防汛抗旱的有关要求，执行国家应急指挥机构指令。
（4）必要时，水利部可以提请应急管理部，以国家应急指挥机构名义部署“水”灾害防治工作。
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